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Whitehead-Institut für Biomedizinische Forschung
Stockwell führt ein Forschungs-Team, hat eine Bibliothek von etwa 2000 kleinen Molekülen (oder Verbindungen), die gezeigt haben, eine Art biologischer Aktivität.
Was diese Bibliothek mit Ausnahme von ähnlichen Sammlungen Stockwell ist, dass die Gruppe auch einen Algorithmus entwickelt, dass alles, was annotiert jede Verbindung kann, mit bis zu 12000 verschiedene Funktionen pro Molekül.
Im Grunde, sagt Stockwell, "es ist eine Strategie, die Anmerkungen erfasst alle Informationen im Zusammenhang mit der Verbindung", was wiederum die Wissenschaftler mehr und unmittelbarer Einblick in die Moleküle sie studieren.
In der September-Ausgabe der Zeitschrift Chemie und Biologie, Stockwell und drei weitere Mitarbeiter aus seinem Labor Forschung veröffentlicht, die die Macht dieses kommentierte mit Bibliothek.
Angesichts einer Reihe von bearbeitete Zellen ursprünglich aus Lungenkrebs Tumor Proben, Stockwell und seine Gruppe getestet, die gesamte Bibliothek für jede Verbindung in der Lage ist, entweder zu verbieten oder zu verhindern des Wachstums der Tumorzellen.
Von den 2000 Verbindungen, 85 gezeigt, diese Fähigkeit, eine überraschend hohe Zahl der Erwägung, dass keine dieser Verbindungen jemals getestet wurde für diese Art von Immobilien. Stockwell dann abgefragt und Kreuz, auf die kommentierten Informationen für jede Verbindung und stellte fest, gemeinsame Eigenschaften von den meisten dieser 85 Verbindungen.
"Mit diesem Test haben wir 12 neue Mechanismen entdeckt, die von Interesse in der Krebsforschung", sagt Stockwell.
Für typische Verbindung Bibliotheken, die keine Annotation-System, auf diese Mechanismen hätte Jahren. Stockwell Gruppe befindet sich in etwas mehr als einer Woche.
Thinking Big
Stellen Sie sich eine Bibliothek von Alexandria für biologisch aktive Verbindungen, und diese Sammlung das Potenzial deutlich. Obwohl die 2000-Verbindungen ist nur ein Bruchteil aller biologisch aktive Moleküle (das wiederum ist nur eine Teilmenge aller Verbindungen), Stockwell-Plattform lässt sich auf unbestimmte Zeit.
Sagt David Root-, Projekt-Wissenschaftler in Stockwell der Labor-und Co-Autor des Papiers, "Unser System automatisch Annotation Keulungen der Literatur. Wir können das System ständig aktualisiert. Es ist flexibel. Da immer mehr Informationen veröffentlicht werden, das Profil der Verbindung angepasst werden. "
Die aktuelle Bibliothek des Jahres 2000 Verbindungen enthält etwa 90 Prozent aller kontrollierten Stoffe und 50 Prozent der Medikamente für den Einsatz in den Vereinigten Staaten.
"Meine Vermutung", sagt Stockwell, "ist, dass es wahrscheinlich zwischen 5000 und 10.000 im Handel erhältliche Verbindungen, dass wir uns im Prinzip, den Zugang." Um sie zu finden, die Forscher müssten Kamm durch die Veröffentlichung der Forschung über die einzelnen Verbindungen und dann entscheiden, welche gekauft werden können und die Notwendigkeit, synthetisiert werden.
Alle Informationen in der Bibliothek finden Sie auf der Website Stockwell Labor. Wer sich anmelden können und Zugriff auf alle Informationen für jeden kommentierte Verbindung, obwohl die tatsächlichen physikalischen Verbindungen selbst sind nicht öffentlich zugänglich sind.
Und Stockwell weiterhin zur Zusammenarbeit mit anderen Labors daran interessiert, seine Bibliothek für Experimente wie die Krebs-Forschung.
Sammlung der Fallen Angels
Stockwell verwendet als Vorbild ähnlichen öffentlich zugänglichen Datenbanken für Biologen. Zum Beispiel, die National Institutes of Health Häuser sowohl eine Bibliothek von DNA-Sequenzen und eine der Microarray-Daten.
Jill Heemskerk, Programm-Direktor bei der NIH Neurologische Erkrankungen und Schlaganfall Division, ist die Aufsicht über ein Projekt zur Entwicklung einer kommentierten Bibliothek ähnlich Stockwell's.
"Es ist eine andere Philosophie ab Brent's", sagt Heemskerk. "Unser Ziel ist es, Verbindungen, die es partway durch eine klinische Studie und dann wurden aus ein oder anderen Grund."
Solche Verbindungen, die oft als "gefallene Engel" von der pharmazeutischen Industrie, sind in der Regel remaindered in der Industrie Sammlungen und letztlich vernachlässigt, wenn sie nicht versprechen, für die kurze Liste von Krankheiten ist das Unternehmen Interesse an
Wenn jedoch, Heemskerk können und sie in ihre Bibliothek, jedes Labor konnte eine neue Anwendung für das Molekül, kann zu einem steuerlichen Vorteil für das Unternehmen. "Im Grunde", sagt Heemskerk, "sie haben alle Hochschulen tun kostenlosen Testen für sie, die Suche nach neuen Möglichkeiten zur Nutzung dieser alten Drogen."
Während der NIH-Bibliothek ist noch in den frühesten Phasen der Planung, Heemskerk stellt fest, dass der Wert der Stockwell der Sammlung "ist etwas, dass allgemein anerkannt, in der Industrie. Brent Schmieden ist Neuland in der Wissenschaft. "
Und obwohl diese neue Gebiet könnte eines Tages eine ganz umfangreiche Bibliothek von biologisch aktiven Verbindungen, Stockwell, alle Sehenswürdigkeiten sind stärker konzentriert.
'ich nicht vor Augen, dass am Ende die "Brent Stockwell Labor" muss einerseits vor, dass die Verbindung kommentierte Bibliothek. Dies ist eine öffentliche Ressource und Werkzeug für die Gemeinschaft. Und jetzt, mein Ziel ist es, es zu tun interessante Biologie. "
Geschrieben von David Cameron.
Diese Forschung wurde von der National Cancer Institute, der Burroughs Wellcome Fund und Whitehead Institut für biomedizinische Forschung.
Full Zitat für die Print-Version? Chemistry and Biology, online veröffentlicht Aug. 28, 2003, erscheint im Band 10, Heft 9
"Biologischer Mechanismus Profiling Durch die Verwendung einer Verbindung Annotated Bibliothek" Autoren: David E. Root, Stephen P. Flaherty, Brian P. Kelley und Brent R. Stockwell (korrespondierender Autor), Whitehead Institut für Biomedizinische Forschung